Historia
Akademia jest kontynuatorką Wydziału Teologii Ewangelickiej i Studium Teologii Prawosławnej, utworzonych po pierwszej wojnie światowej na Uniwersytecie Warszawskim. Studium Teologii Prawosławnej nie otrzymało zezwolenia na wznowienie działalności po roku 1945, natomiast Wydział Teologii Ewangelickiej został wyodrębniony z Uniwersytetu Warszawskiego w 1954 r. i przekształcony – przy współudziale Kościołów starokatolickich – w Chrześcijańską Akademię Teologiczną; odtąd też istnieje w ChAT Sekcja Teologii Ewangelickiej i Sekcja Teologii Starokatolickiej, a od 1957 r. również Sekcja Teologii Prawosławnej. W roku 2004 uczelnia obchodziła 50 – lecie istnienia.
Rozwój uczelni po roku 1989
Przemiany ustrojowe po roku 1989 pozwoliły rozszerzyć uczelniom, także uczelniom teologicznym, ich zakres autonomii i samodzielności. ChAT wykorzystała tę możliwość, opracowując w 1991 roku nowy statut uczelni, a także regulaminy studiów, organizacyjny oraz samorządu studenckiego. Przepisy te konkretyzują zakres kompetencji i odpowiedzialności poszczególnych członków kierownictwa ChAT oraz zapewniają współudział pracowników i studentów w podejmowaniu najważniejszych decyzji dotyczących uczelni. Jej działalność naukowa, dydaktyczna i organizacyjna nabrała dynamiki, przyczyniając się do wzrostu autorytetu Akademii w kontaktach międzyuczelnianych zarówno w kraju jak i za granicą.
Akademia reagowała sprawnie na przemiany i potrzeby edukacyjne w naszym kraju. W roku akademickim 1991/92 rozpoczął działalność Ekumeniczny Instytut Pedagogiczno-Katechetyczny. Był on praktyczną formą odpowiedzi na wyzwanie postawione przed Kościołami przez wprowadzenie nauki religii do szkół. Chodziło o przygotowanie kadry katechetów zdolnych nie tylko do prowadzenia nauczania religii w szkołach, ale także – w miarę potrzeby – mogących wykładać przedmioty ogólnokształcące. W czerwcu 1995 roku pierwsi absolwenci tego Instytutu uzyskali dyplomy magistra teologii w zakresie pedagogiki religijnej.
Po kilku latach doświadczeń wyłoniła się konieczność restrukturyzacji Instytutu poprzez przekształcenie go w Ekumeniczny Instytut Pedagogiczny. Polegała ona na uruchomieniu na kierunku pedagogika 3-letnich licencjackich wyższych studiów zawodowych w zakresie dwóch specjalności. W roku akademickim 1996/97 przyjęto pierwszych studentów na studia w zakresie pracy socjalnej, rok później rozpoczęła działalność druga specjalność – pedagogika szkolna i korekcyjna. Poczynając od roku akademickiego 1999/2000 absolwenci wyższych studiów zawodowych będą mogli kontynuować naukę na uzupełniających 2-letnich studiach magisterskich.
Pozyskanie przez Uczelnię profesorów o znacznym dorobku naukowym umożliwiło podjęcie decyzji o utworzeniu z dniem 1 marca 1994 roku Studium Doktoranckiego w zakresie nauk teologicznych.